Engler, B.; Bauer, H.-G.: Dokumentation eines starken Bestandsrückgangs beim Haussperling (Passer domesticus) in Deutschland auf Basis von Literaturangaben von 1850-2000. Die Vogelwarte 41 (3), pp. 196 - 210 (2002)
Schönenberger, A.; Bauer, H.-G.: Bruthabitat und -phänologie des Steinrötels Monticola saxatilis im Bregenzerwald (Vorarlberg, Österreich). Die Vogelwelt 123, pp. 1 - 7 (2002)
Sudfeldt, C.; Doer, D.; Hötker, H.; Mayr, C.; Unselt, C.; von Lindeiner, A.; Bauer, H.-G.: Important bird areas (Bedeutende Vogelschutzgebiete) in Deutschland - überarbeitete und aktualisierte Gesamtliste (Stand 01.07.2002). Berichte zum Vogelschutz 38, pp. 17 - 109 (2002)
Bauer, H.-G.: Die bundesweite Rote Liste der Vögel - Ergebnisse und Konsequenzen eines Rote-Liste Symposiums im März 1999 sowie interner Diskussionen. Berichte zum Vogelschutz 37, pp. 13 - 19 (2001)
Bauer, H.-G.; Flade, M.; Hötker, H.; Opitz, H.; Sudfeldt, C.; Südbeck, P.: Einführung zum Schwerpunktthema "Vögel in der Stadt". Die Vogelwelt 121, pp. 64 - 65 (2000)
Bauer, H.-G.; Flasbarth, J.; Hötker, H.: Vorwort der Präsidenten von DRV und NABU und dem Vorsitzenden des DDA: Zweiter Bericht zur Lage der Vögel in Deutschland. Die Vogelwelt 121, pp. 63 - 64 (2000)
Boye, P.; Bauer, H.-G.: Vorschlag zur Prioritätenfindung im Artenschutz mittels Roter Listen sowie unter arealkundlichen und rechtlichen Aspekten am Beispiel der Brutvögel und Säugetiere Deutschlands. Schriftenreihe für Landschaftspflege und Naturschutz 65, pp. 71 - 88 (2000)
Hötker, H.; Bauer, H.-G.; Flade, M.; Mitschke, A.; Sudfeldt, C.; Südbeck, P.: Synopse zum zweiten Bericht zur Lage der Vögel in Deutschland - unter besonderer Berücksichtigung der Vögel der Siedlungen. Die Vogelwelt 121, pp. 331 - 342 (2000)
Werner, M.; Bauer, H.-G.: Zur Situation wandernder Vogelarten in Deutschland - Konzeption für einen Zug- und Rastvogelatlas. Die Vogelwelt 121, pp. 223 - 229 (2000)
Bauer, H.-G.: Entwicklung und Perspektiven der bundesweiten Roten Liste der Vögel im Nachgang zu einem Fachsymposium im März 1999 in Bonn. Berichte zum Vogelschutz 37, pp. 13 - 18 (1999)
Bauer, H.-G.; Ranftl, H.: Die Bedeutung überwinternder Stoppelbrachen für Vögel. Stoppelbrache in Mittelfranken. Schriftenreihe der Bayerischen Landesanstalt für Bodenkultur und Pflanzenbau 3, pp. 33 - 41 (1999)
Böhning-Gaese, K.; Bauer, H.-G.: Änderungen in Häufigkeit, Verbreitung und Diversität der Brutvögel am Bodensee zwischen 1980/81 und 1990-92. Ornithologische Jahreshefte für Baden-Württemberg 14/15, pp. 33 - 52 (1999)
Stark, H.; Bauer, H.-G.; Jacoby, H.; Suter, W.: Internationale Wasservogelzählung am Bodensee. Ergebnisse aus den Zählperioden 1961/62 bis 1996/97. Dynamik der Zugrast- und Überwinterungsbestände und der Einfluß von Umweltbedingungen. Ornithologische Jahreshefte für Baden-Württemberg 14/15, pp. 64 - 122 (1999)
Bauer, H.-G.: Der neue deutsche Brutvogelatas - "Atlas 2005" - Zielvorstellung, Konzeption und methodischer Ansatz. Berichte zum Vogelschutz 36, pp. 13 - 24 (1998)
Bauer, H.-G.: Stellen "Exoten" eine Gefahr für die heimische Vogelwelt dar? Einführung, Überblick, Fallbeispiele. Journal für Ornithologie 139 (2), p. 213 - 213 (1998)
Bauer, H.-G.; Pulido, F.: Evolutive Konsequenzen der Hybridisierung zwischen autochthonen Vogelpopulationen und "Exoten". Journal für Ornithologie 139 (2), p. 213 - 213 (1998)
Flade, M.; Bauer, H.-G.; Opitz, H.; Helbig, A. J.: Vogelmonitoring in Deutschland oder: Es gibt nichts Gutes, außer man tut es! Die Vogelwelt 119, pp. 35 - 37 (1998)
Bauer, H.-G.; Burdorf, K.; Herkenrath, P.: „Exoten und Gänsemix" - Folgen und Gefahren der Aussetzung, Fremdansiedlung und Gefangenschaftsflucht nichtheimischer und heimischer Vogelarten für die indigene Avifauna - eine Übersicht mit Handlungsempfehlungen. Berichte zum Vogelschutz 35, pp. 67 - 90 (1997)
Bauer, H.-G.; Rheinwald, G.; Hüppop, O.; Witt, K.: Synopse zum ersten Bericht zur Lage der Vögel in Deutschland. Die Vogelwelt 117, pp. 363 - 365 (1996)
Bauer, H.-G.; Rheinwald, G.; Witt, K.: Übersicht über den Stand der Atlasarbeiten und Avifaunen in den deutschen Bundesländern. Die Vogelwelt 117, pp. 329 - 336 (1996)
Böhning-Gaese, K.; Bauer, H.-G.: Changes of species abundance, distribution, and diversity in a central European bird community. Conservation Biology 10 (1), pp. 175 - 187 (1996)
Flade, M.; Bauer, H.-G.: Einführung zum Schwerpunktthema Landwirtschaft: Bericht zur Lage der Vögel in Deutschland. Die Vogelwelt 117, pp. 167 - 168 (1996)
Keller, V.; Bauer, H.-G.; Ley, H.-W.; Pfister, H. P.: Bedeutung von Grünbrücken über Autobahnen für Vögel. Der Ornithologische Beobachter 93, pp. 249 - 258 (1996)
Bauer, H.-G.; Herkenrath, P.: Diskussion und Ergebnisse des Seminars "Rote Listen" auf Gut Sunder vom 18. bis 20.3.1994. Berichte zum Vogelschutz 32, pp. 35 - 38 (1995)
Böhning-Gaese, K.; Bauer, H.-G.: Die Struktur der Vogelgemeinschaften am Bodensee: "Mikro"- und "makro"-ökologische Ansätze. Journal für Ornithologie 136 (3), pp. 328 - 329 (1995)
Bauer, H.-G.; Ley, H.-W.: Haben zwischenartliche Konkurrenz und Prädation eine Bedeutung für den Rückgang von Vogelarten? Zeitschrift für Ökologie und Naturschutz 3, pp. 77 - 85 (1994)
Kaiser, A.; Bauer, H.-G.: Zur Bestimmung der Populationsgröße von Brutvögeln mit der Fang-Wiederfang-Methode und gängigen Kartierungsmethoden. Die Vogelwarte 37 (3), pp. 206 - 231 (1994)
Bauer, H.-G.: Die Gefährdung der global bedrohten Weißkopfruderente Oxyura leucocephala durch die Ausbreitung der Schwarzkopfruderente O. jamaicensis in Europa. Berichte zum Vogelschutz 31, pp. 67 - 70 (1993)
Bauer, H.-G.; Dienst, M.; Jacoby, H.: Habitatansprüche, Verbreitung und Bestandsentwicklung röhrichtbewohnender Singvogelarten am Bodensee-Untersee - mit einer Darstellung der Schilfproblematik. Beihefte zu den Veröffentlichungen für Naturschutz und Landschaftspflege in Baden-Württemberg 68, pp. 47 - 78 (1993)